Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı

Creative Commons License

ALBAKKOUR1 K., ALTAY KOÇAK A., ÇOLAK M., KALKANCI A., ÇAĞLAR K., SULTAN M. N., ...Daha Fazla

Flora the Journal of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, cilt.26, sa.3, ss.468-476, 2021 (ESCI) identifier identifier

  • Yayın Türü: Makale / Tam Makale
  • Cilt numarası: 26 Sayı: 3
  • Basım Tarihi: 2021
  • Doi Numarası: 10.5578/flora.20219715
  • Dergi Adı: Flora the Journal of Infectious Diseases and Clinical Microbiology
  • Derginin Tarandığı İndeksler: Emerging Sources Citation Index (ESCI), TR DİZİN (ULAKBİM)
  • Sayfa Sayıları: ss.468-476
  • Anahtar Kelimeler: Rotavirus, RT-PCR, Genotype, Diarrhea, MOLECULAR EPIDEMIOLOGY, CHILDREN, FREQUENCY, ADENOVIRUS, PERIOD
  • Gazi Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Giriş: Rotavirüs (RV), çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin ve özellikle gelişmekte olan ülkelerde gastroenterite bağlı mortalite ve

morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmanın amacı, hastaneye başvuran, 0-65 yaş arasında, akut gastroenteritli, RV hızlı

antijen testi pozitif hastaların dışkı örneklerinde RV’ün genotiplerinin RT-PCR yöntemi ile belirlenmesidir.

Materyal ve Metod: Bu çalışma Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na Ocak 2013 ile Nisan 2018 tarihleri arasında

gastroenterit şikayeti ile başvuran ve dışkıları Mikrobiyoloji laboratuvarına yollanan ve immünokromatografik yöntem ile pozitif

bulunan, 0-65 yaş arasındaki 87 (40 kız, 47 erkek) hastanın dışkı örnekleri toplanarak çalışılmıştır. RV VP-7 amplifikasyonu Beg9 ve End9

primerleri kullanılarak, G tiplendirme G1-G4 ve G9 için özgül primerler kullanılarak çalışılmıştır; VP-4 amplifikasyonu con-2 ve con-3 primerleri

kullanılarak, P tipleri; P[8], P[4], P[6] ve P[9] için özgül primerler ile belirlenmiştir. VP4 ve VP7 gen amplifikasyonu için AccessQuick

RT-PCR (Promega Corporation, Madison, WI), genotiplendirme için de PCR Mastermix (Promega, Madison, WI) kullanılmıştır.

Bulgular: RV antijen pozitifliği saptanan olgularda cinsiyetler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. RV infeksiyonu

en sık 12-23 aylık çocuklarda saptanmıştır. Antijen pozitifliğinin en sık kış ve sonbahar mevsiminde yoğunlaştığı izlenmiştir.

Tiplendirme sonucunda G1 (%25.80), G2 (%3.22), G3 (%4.30), G4 (%6.45), G9 (%60.21) G tipi olarak belirlenmiştir. P4 (%1.14),

P8 (%93.10), P6 (%5.74) P tipi olarak belirlenmiştir. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilmiştir. En sık görülen G/P kombinasyonu

G9P[8] (%56.98) ve G1P[8] (%22.58) olduğu saptanmıştır.

Sonuç: Tüm dünyada olduğu gibi Ankara’daki RV infeksiyonu olan olgularda da G9 ve P[8]’in sık saptanan genotipler olduğu görülmüştür.

Türkiye’de yapılan çeşitli çalışmalara benzer şekilde en sık G9P[8] tespit edilmiştir. Bu nedenle bu veriler, RV aşı stratejilerinde

göz önünde bulundurulmalıdır.