Aspergillus f umigatus Enfeksiyonu İle İlişkili miRNA’larının Hücre Kültüründe Gösterilmesi

Creative Commons License

Yar Sağlam A. S., Kalkancı A., Usta Salimi D. D., Eşcan F., Fidan I., Güzel Tunçcan Ö.

XL. Uluslararası Katılımlı Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 16 - 20 Kasım 2022, ss.1-2

  • Yayın Türü: Bildiri / Tam Metin Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Antalya
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1-2
  • Gazi Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Giriş ve Amaç

Mikro RNA’lar (MicroRNA, miRNA) 19-30 nükleotidli küçük RNA parçalarıdır. Genomda DNA’dan transkripsiyonu yapılan ancak protein ifadesi yapılmadan kalan genler olarak, çok korunmuş dizilerdir. Son yıllarda hastalık patogenezinde ve olası alternatif tedavi seçeneklerinde miRNA’lar değerlendirilmektedir. Bağışık cevabı düzenlemeleri açısından önemlidirler. Doğal ve kazanılmış bağışıklık basamaklarında görev alırlar. Düzensizlikleri enfeksiyon hastalıklarının patogenezinde önemlidir. Mantar enfeksiyonlarının patogenezinde önemli olan miRNA’lar tanımlanmaya başlamıştır. Yapısal olarak çok stabil olmaları nedeniyle tanıda kullanılmaları da söz konusudur. Aspergillus enfeksiyonlarında miRNA’ların rolü konusunda yapılmış çalışmalar sınırlıdır. Az sayıda miRNA bu konuda değerlendirilmiştir. Bu projenin konusu aspergilloz ile ilişkili miRNA’ların incelenmesidir.

Gereç ve Yöntem

İnsan akciğerine ait iki farklı hücre serisi kullanılmıştır. Akciğer normal epitel hücresi olan a549 ile akciğer adenokarsinom hücre serisi olan Calu-3 hücre serileri Aspergillus fumigatus ATCC 46645 ile her kuyucukta 5x106 hücre olacak şekilde enfekte edilmiştir. Karşılaşmanın 0, 1, 6 ve 24. saatlerinde hücreler ayrılmış, her bir karşılaşma süresinden ayrı ayrı miRNA izolasyonu yapılarak -800C’de saklanmıştır. Eş zamanlı olarak Aspergillus ile enfekte edilmeyen hücre hatları kontrol olarak ayrılmıştır. Elde edilen miRNA’lardan cDNA elde edilmiş, hedef miRNA taraması Applied Biosystems™ 7500 Fast Real-Time PCR cihazında kantitatif olarak gerçekleştirilmiştir. Akciğer aspergillozu ile ilişkili olabilecek 32 adet insan miRNA’sının taranması hedeflenmiştir.

Bulgular ve Sonuç

Akciğer aspergillozu ile ilişkili olduğu düşünülen miR-21, miR-21-5p, miR-132, hsa-miR-516a-3p, hsa-miR-516b-3p, hsa-miR-1287-5p, hsa-miR-583, hsa-miR-3978, hsa-miR-186-5p, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-155-5p, hsa-miR-4717-5p, hsa-miR-650, miR-26a-5p, miR-26b-5p, miR-142-3p, miR-142-5p, miR-101-3p, hsa-miR-145-5p, hsa-miR-424-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-4488, hsa-miR-548d-3p, hsa-miR-548n, hsa-miR-2117, hsa-miR-196a-5p, hsa-miR-4454, hsa-miR-7975, miR-150-5p, miR-17-5p, miR-20a-5p, miR-3607-5p taranmıştır. Aspergillus ile enfekte hücrelerin miRNA ifadesinin enfeksiyonun en çok altıncı saatinde arttığı gösterilmiştir. Enfeksiyonun hücre serilerinden a549’da kontrole göre miRNA ifade artışına neden olduğu, Calu-3 hücre serisinde ise enfeksiyon ile miRNA ifadesinin kontrole göre azaldığı gösterilmiştir. Taranan miRNA’lardan miR-132, hsa-miR-516a-3p, hsa-miR-186-5p, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-155-5p, hsa-miR-650, miR-142-3p, hsa-miR-4488, miR-142-3p, hsa-miR-186-5p, hsa-miR-424-5p aspergilloz ile azalırken; miR-26a-5p, hsa-miR-424-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-196a-5p, miR-17-5p aspergilloz ile artmıştır.  

Mikro RNA’lar gen susturmanın yanı sıra, aspergilloza bağlı ekspresyondaki değişikliklerin bilinmesi ile ilaç tasarımlarının temeli oluşturulabilir. Bu nedenle invaziv aspergillozda arttığı ve azaldığını belirlediğimiz miRNA’ların, insanlarda tanıya yardımcı olarak kullanılması veya tedavide yeni seçeneklerin oluşturulmasına yardımcı olma potansiyelleri değerlendirilmelidir.