Akademik Veri Yönetim Sistemi
16. Ulusal Tıbbi Genetik Kongresi, Antalya, Türkiye, 4 - 08 Aralık 2024, ss.140, (Özet Bildiri)
GİRİŞ/AMAÇ: Yeni nesil dizileme metotlarının insan genomunu/ekzomunu maliyet etkin bir biçimde analiz etmeye izin vermesi klinik genetik rutininde Mendeliyan hastalıkların tanı oranlarını arttırmayı sağlamıştır. Bununla birlikte ekzom dizileme, özellikle intronik veya düzenleyici bölgelerde yer alan varyantlar gibi gen ekspresyonunu doğrudan etkileyen değişiklikleri açıklamada yetersiz kalmaktadır. Bu çalışmada ekzom dizileme sonucu tanı alamayan epileptik ensefalopati ön tanısına sahip bir hastanın RNA dizileme sonucu sunulmaktadır. YÖNTEM: Periferik venöz kandan elde edilen total RNA’dan mRNA zenginleştirilmesi ve cDNA çevrimi yapılarak kütüphane oluşturuldu ve Illumina NovaSeq 6000 System cihazında dizileme işlemi gerçekleştirildi. Çeşitli biyoinformatik araçlar (FastQC, tximport R, STAR, EnsemblVEP, Dasper, SpliceAI ve edgeR R) kullanılarak Genomics & More platformu üzerinde anormal uçbirleştirme ve anormal ekspresyon analizi gerçekleştirildi. Tanımlanmış cut-off'lara (dasper için rank≤1000) sahip anormal uçbirleştirme bölgelerinin 500 baz çifti yakınında bulunan varyantlar ve GTEx kontrolüyle karşılaştırmada en üst %1 veya en alt %1'e karşılık gelen ekspresyon değerleri anlamlı kabul edildi. SONUÇ: SCN1B geninde elde edilen normalize edilmiş okuma sayısı 0.936 olarak belirlendi. Bu değer, GTEx kontrol grubundaki (n=209) median okuma sayısı olan 10.729 ile karşılaştırıldığında, %0.5'lik dilime denk gelmekteydi. Sonuç SCN1B geni ekspresyon kaybı ile uyumlu bulundu. TARTIŞMA: SCN1B genindeki monoalleik patojen varyantlar “ailesel atriyal fibrilasyon 13“ ve “febril nöbetlerin eşlik ettiği jeneralize epilepsi tip 1” gibi daha hafif fenotiplerle, fonksiyon kaybına neden olan biallelik varyantlar ise “gelişimsel ve epileptik ensefalopati 52 (GEE52)” ile ilişkilendirilmiştir. Hastanın klinik bulguları ve SCN1B geninde gözlenen belirgin derecede düşük ekspresyon seviyesi göz önünde bulundurulduğunda klinik bulguların GEE52 ile uyumlu olabileceği düşünülmüştür. Bu vaka, RNA dizilemenin ekzom dizileme ile tanı alamayan hastalarda tamamlayıcı bir yöntem olabileceğini ve tanı oranlarını artırabileceğini göstermektedir.