Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Öğrenci: TÜRKAN ÖZDEMİR
Danışman: AYŞE MELTEM YALINAY
Özet:Bu çalışmada ile Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvar'ında yara yerinden izole S.aureus suşlarının biyofilm yapma yetenekleri, biyofilm oluşumu ile ilişkili genlerin ve yüzey proteinleri ile ilişkili genlerin varlığının araştırılması, biyofilm pozitif ve negatif suşların fenotipik ve genotipik karakterlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya yara yerinden izole edilen 50 S.aureus bakterisi dahil edilmiştir. Çalışmada biyofilm oluşumu konvansiyonel yöntem olarak kongo kırmızılı agar besiyeri ve mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılarak karşılaştırılmıştır. Kongo kırmızılı agar besiyerine ekilen 50 S.aureus suşunun 37oC'de bir gece ve sonrasında oda ısısnda 48 saat inkübasyon sonucunda yapılan koloni morfolojisine dayanan fenotipik değerlendirmede 16 (%32) örneğin biyofilm oluşumunu negatif bulunurken 34 (%68) örneğin biyofilm oluşumu pozitif olarak bulunmuştur. Mikrotitrasyon plağı yönteminde; 37oC'de 24 saatlik inkibasyonun ardından kristal viyole ile boyama sonrasında absorbans ölçümleri yapılarak tüm suşların biyofilm oluşumu değerlendirilmiştir. Kristal viyole kullanılarak yapılan absorbans ölçümlerine göre yara yeri örneklerinin 17'sinde (%34) zayıf biyofilm oluşumu (negatif), 21'inde (%42) orta derece biyofilm oluşumu ve 12'sinde (%24) güçlü biyofilm oluşumu olduğu belirlenmiştir. Kongo kırmızılı agar besiyeri ve mikrotitrasyon plak yöntemi biyofilm oluşumu yönünden karşılaştırıldığında istatiksel olarak uyumluluk bulunmamıştır (p 0.05) . 77 S.aureus bakterisinin biyofilm oluşumunun moleküler olarak değerlendirmesinde; biyofilm oluşumunun ilk basamağında görev yapan yüzey proteinleri genlerinin varlığı (fnbA, clfA ve ebpS) ve ikinci basamakta hücre-hücre adezyonu ve çok tabakalı biyofilm oluşumunun şekillenmesinde görev alan icaA ve icaD genleri araştırılmıştır. Çalışmamızda yara yerinden izole edilen 50 S.aureus bakterisinin 44'ünde (%88) fnbA ve clfA geni saptanırken 6 (%12) suşta fnbA ve clfA geninin varlığı saptanılamamıştır. ebpS geni 23 (%46) suşta saptanırken 17(%34) suşta saptanılamamıştır. Kongo kırmızılı agar besiyerinde değerlendirilen biyofilm üretimi ile fnbA, clfA genleri arasında normal-orta derecede ilişki bulunurken (r=0.274, p<0.001). ebpS geni arasında zayıf bir ilişki bulundu (r=0.031, p>0.001). Mikrotitrasyon plağı yönteminde değerlendirilen biyofilm üretimi ile fnbA geni arasında zayıf derecede (r=0.039 p>0.001), clfA geni arasında zayıf derecede (r=0.028 p>0.001) ve ebpS geni arasında negatif yönlü zayıf (r=-0.148 p>0.001) bir ilişki bulunmuştur. Çalışmamızda yara yerinden izole edilen 50 S.aureus bakterisinin 42'sinde (%84) ve pozitif kontrol olarak kullanılan S.aureus ATCC 43300 suşunda icaA ve icaD genlerinin her ikiside saptanmıştır. Çalışmaya alınan 50 suşun 7'sinde (%14) ve negatif kontrol olarak kullanılan S.aureus ATCC 29213 icaA ve icaD genleri saptanamadı. Çalışmaya katılan 1 (%2) suşda icaA pozitif, icaD geni ise negatif olarak saptanmıştır. Kongo kırmızlı agar besiyerinde değerlendirilen biyofilm oluşumu ile icaA ve icaD genleri arasında normal-orta derecede ilişkili bulunmuştur (r=0.285, p=0.001). Mikrotitrasyon plağı yönteminde değerlendirilen biyofilm oluşumu ile icaA ve icaD genleri arasında zayıf bir korelasyon saptanmıştır (r=0.088 p>0.001). Sonuç olarak; S.aureus biyofilm oluşumunda değerlendirilmesinde kullanılan konvansiyonel yöntemler arasında standardizasyon saptanılamamıştır. Yapılan moleküler değerlendirme sonucunda S.aureus'un biyofilm oluşumu ile sorumlu tutulan (fnbA, clfA, icaA ve icaD) genlerin biyofilm ile ilişkisi olduğu ve ebpS ile negatif yönlü bir ilişkinin bulunduğu ancak biyofilm oluşumunun tek başına genotipik özelliklere bağlı olmadığı, çevresel ve suşa ait özelliklerin de biyofilm oluşum mekanizmalarını etkilediği düşünülmektedir.