Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Öğrenci: AYSEL ÜNAL
Danışman: FERDA EMRİYE PERÇİN
Özet:İnsan genomunda yaklaşık 3,2 milyar nükleotid bulunmaktadır. Bireylerin genomları arasında, farklı büyüklüklerde değişiklikler olabilmektedir. Bu değişiklikler, insanların birbirinden farklı özelliklere sahip olmasını sağladığı gibi, hastalıklara da neden olduğu bilinmektedir. Tek nükleotid değişikliklerine tek nükleotid polimorfizmi (Single nucleotide polymorfism-SNP), kısa (2-50 baz) delesyon ve insersiyonlara indel, kromozom bölümlerinin 50 bazdan büyük değişikliklerine ise kopya sayısı değişimi (Copy Number Variation, CNV) adı verilmektedir. CNV'lerin hastalıklardaki önemi anlaşıldıkça bunları saptamaya yönelik yöntemler de gelişmeye başlamıştır. CNV araştırmalarında, genom boyu veya hedefe yönelik yöntemler kullanılmaktadır. Array tabanlı komperatif genomik hibridizasyon (Array CGH) ve tek nükleotid polimorfizm (Single Nucleotide Polymorphisim, SNP) array, genel isimlendirme olarak kromozomal mikroarray, entelektüel yetersizlik, gelişme geriliği ve çoklu konjenital anomalisi olan hastalarda ilk seçenek tanı testi olarak önerilmektedir. Günümüzde CNV saptamada kullanılan standart metod, array-CGH'dir ancak teknik nedenlerden kaynaklanan yanlış pozitif sonuçlar nedeniyle, yanlış tanıya yönlendirebilmektedir. Bu nedenle, fenotipik etkisi olduğu düşünülen değişikliklerin güvenilir bir yöntem ile doğrulanması gerekmektedir. Bu tez çalışmasında hedefe yönelik bir CNV saptama yöntemi olan kantitatif real-time PCR (qPCR)'ın doğrulama çalışmalarında güvenilirliğinin gösterilmesi; ayrıca, doğrulanan spesifik mikrodelesyon/mikroduplikasyon sendromlarının genotip/fenotip korelasyonu yapılarak literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır. Bu araştırma retrospektif bir çalışma olup, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na entelektüel yetersizlik ve/veya çoklu konjenital anomali nedeniyle başvuran, klinik değerlendirme sonucunda Array-CGH uygulanan ve sonuçların doğrulanması için qPCR yöntemi uygulanmış olan 10 hastanın 10 CNV bölgesi değerlendirilmiştir. qPCR çalışmasında 10 CNV'den 2'sinin yanlış pozitif olduğu saptanmış, 8'i başarı ile doğrulanmıştır. Doğrulanan 8 CNV'den 4'ünün ailesel (3'ü anneden 1'i babadan), 4'ünün de novo olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar; array CGH'te saptanan ve hastanın kliniği ile ilişkili olabilecek değişikliklerin mutlaka ikinci bir yöntemle doğrulanması gerektiğini ve literatürdeki güvenilirlik çalışmalarıyla birlikte, qPCR'ın bu amaçla güvenle kullanılabilecek bir yöntem olduğunu göstermiştir. Doğrulama çalışmalarının ebeveynlerle birllikte yapılması, CNV'lerin patojenite değerlendirmesine katkıda bulunmuş ve doğru genetik danışma verilmesini sağlamıştır. Bu tez çalışmasında ayrıca doğrulanan mikrodelesyon/ mikroduplikasyonlarda bulunan HTR7, CDC16, OPHN1, GLRA1, ATP6AP2 genleri ile hastaların kliniği arasında genotip/fenotip korelasyonu yapılmış ve literatüre katkı sağlanacağı düşünülmüştür.