Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ASLI AĞAR
Danışman: Leyla Açık
Özet:
Aralık 2019’un sonlarında, Çin’in Wuhan şehrinde tanımlanamayan bir mikrobiyal ajan
nedeniyle viral pnömoni ile başvuran hastalar bildirilmiştir. Daha sonra bu patojen yeni bir
koronavirüs olarak tanımlanmış ve SARS-CoV-2 olarak adlandırılmıştır. Genom dizisi
olarak 2019-nCoV’un Doğu Çin’in Zhoushan kentinde 2018’de toplanan iki yarasa kaynaklı
bat-SL-CoVZC45 ve bat-SL-CoVZXC21 ile yakından ilişkili ancak SARS-CoV ve MERSCoV’den daha uzak ilişkili olduğu bulunmuştur. Çalışmamız Türkiye’deki COVID-19
mutasyonlarının seyrinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. COVID-19 hastalık
etkeni SARS CoV-2 virüsünü saptamak için önerilen mevcut laboratuvar testi stratejisi,
SARS-COV-2’ye özgü gen bölgelerinin varlığını tespit etmek amaçlı yapılan SARS CoV-2
Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) testidir. Gerçekleştirilmiş olan RTPCR testi sonuçlarında; CT (eşik döngüsü) 20-25 aralığında bulunan ve yüksek pozitif olarak
belirlenen virüs örnekleri kullanılmıştır. Hastalık etkeni SARS CoV-2 virüsünü tespit etmek
için 2021 ve 2022 yılları boyunca Covid-19 pozitif tanısı konulan ve eşik döngüsü
koşullarını sağlayan, rastgele 30 hastadan elde edilmiş olan viral RNA (sürüntü
örneklerinden izole edilmiş) izolatları kullanılmıştır. Dünya Sağlık Örgütü SARS-CoV2’nin varyantlarını, dikkate alınması gereken varyantlar (VOI) ve endişe verici varyantlar
(VOC) olarak ikiye ayırmaktadır. Endişe verici varyantlardan; en az değişikliğe uğradığı
belirtilen ve virüsün hücreye girişi açısından önemli olan S “spike” proteininde ve de
özellikle bu proteinin reseptör bağlanma bölgesinde olan değişimler üzerindeki mutasyonlar
VOI grubu içindedir. Çalışmamızda, Spike bölgesini hedefleyen spesifik primer çiftleri
kullanılarak yapılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) çalışmaları sonrasında elde edilen
ürünler Yeni Nesil Dizileme (NGS) tekniği kullanılarak DNA dizi analizi yapılmış ve elde
edilen S geni mutasyonları karşılaştırılmıştır. Elde edilen verilerin analizinden çıkan
sonuçlar numune alım zamanları ve aynı nokta mutasyonları ile karşılaştırmalı olarak
incelenmiştir.