Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Sahra Setenay BARAN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Aylin Sepici Dinçel
Eş Danışman: Yusuf Şimşek
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Embriyonik gelişim, doku rejenerasyonu, hücre proliferasyonu ve farklılaşması, kanser, nörodejeneratif hastalıklar ve kemik metabolizması hastalıkları gibi çeşitli fizyolojik ve patolojik süreçlerde rol oynayan başlıca sinyal yollarından biri kanatsız/β-katenin (Wnt/β katenin) yoludur. Dickkopf ile ilişkili protein-1 (DKK1), Wnt sinyal yolunun doğal hücre dışı inhibitörlerinden biridir. LRP5/6 reseptörlerine bağlanarak Wnt yolağının bloklanmasına neden olmaktadır. Bu nedenle DKK1'in LRP5/6'ya bağlanmasını engelleyebilecek DKK1 antagonistleri, Wnt sinyal yolunun modülasyonu için iyi bir yaklaşım olarak görülmüştür. Yeni DKK1 antagonisti adaylarını araştıran çalışmaların çoğu protein bazlı antikorları içermektedir. Ancak küçük moleküllerin DKK1 ile LRP5/6 arasındaki etkileşimi inhibe etmek için daha iyi adaylar olabileceğine inanılmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında küçük moleküllerin DKK1 antagonist adayı olma potansiyelinin bilgisayar destekli moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak araştırılması amaçlanmıştır. Aday ligandlar olarak kimyasal veri tabanlarındaki bileşikler seçilmiştir. Bileşiklerin DKK1'in LRP5/6'ya bağlandığı yüzeyi ile etkileşim durumu sanal tarama, moleküler dinamik simülasyon çalışmaları ve bağlanma serbest enerjilerinin hesaplanması ile araştırılmıştır. Ayrıca, bağlanma afinitesi en yüksek ve kararlı olan ligandlar farmakokinetik özellikleri ve ADME-T profilleri de in-siliko olarak hesaplanmıştır. Sonuçlar sırasıyla 13871067, 10265835, 139183638, 657042, 470199, 91490554 ve 445074'ün iyi birer DKK1 antagonist adayı olabileceğini ancak in-vitro ve in vivo çalışmalar ile araştırılması gerektiğini göstermektedir.
Anahtar Kelimeler : Dickkopf-1, Kemik, Sanal tarama