Herediter meme over kanser sendromu düşünülen ve klinik ekzom dizileme yöntemiyle varyant tespit edilemeyen hastalarda optik haritalama yöntemiyle genomik yapısal varyant araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ESRA GÜNEŞ
Danışman: MEHMET ALİ ERGÜN, ESRA TUĞ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Herediter meme-over kanser sendromu BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C ve RAD51D gibi genlerdeki patojen varyantların neden olduğu bir kanser yatkınlık sendromudur. Bu sendromdan şüphelenilen hastaların bir kısmında yapılan dizileme ve MLPA/CNV analizlerinde kanser ile ilişkili genlerde varyant saptanırken, anlamlı bir kısmında da bu genlerde patojen/olası patojen varyant saptanmamaktadır. Optik genom haritalama (OGM) tekniği, >150 kbp ultra uzun DNA moleküllerinin işaretlenerek optik olarak değerlendirilmesi, bu sayede genomdaki dengeli/dengesiz yapısal varyantların tespit edilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Bu çalışmada herediter meme-over kanser sendromundan şüphelenilen ancak yapılan klinik ekzom dizileme analizinde patojen/olası patojen SNV/CNV saptanmayan 10 hastada OGM yöntemiyle yapısal varyant araştırılmıştır. Bir hastada, RAD51C geninde 6 kb boyutunda intronik insersiyon tespit edilmiştir. Bu insersiyonun orijininine yönelik ileri testler planlanmıştır. Diğer hastalarımızda, kanser yolaklarında görevli çeşitli genlerde <500 kbp yapısal varyantlar saptanmış olup, bu varyantların ikinci yöntemle doğrulanmaları ve kanser ile ilişkilerinin daha net araştırılmaları gerekmektedir. Ek olarak bir hastamızda, klinik önemi bilinmeyen 718 kb duplikasyon saptanmıştır. Bu duplikasyon bölgesinde kanser yolağında görevli CHD6 ve PTPRT genleri mevcut olup, bu varyantın da klinik etkisi bilinmemektedir. Bu çalışma, herediter meme over kanser sendromunun etiyolojisinde yapısal varyantların rolü hakkında önemli bilgiler vermiş olup, bu hastaların tanısında OGM yönteminin ileri dönemlerde kullanıldığındaki olası katkılarını tanımlamıştır.